Każda praca magisterska zawiera rozdział teoretyczno-metodologiczny (niektórzy wyróżniają część teoretyczną i metodologiczną), w którym autor powinien wspomnieć o: przedmiocie i celu badań, problemie badawczym (lub problemach), aparacie pojęciowym (zmiennych, wskaźnikach), metodach badawczych, obszarze badań i organizacji pracy.
Na tym etapie powinny zostać sformułowane hipotezy, które autor będzie weryfikować, przedstawiając materiał zgromadzony podczas poszukiwań, analiz, pracy badawczej.
Przedmiot badań to inaczej materią, którą chcemy poruszyć, opisać, przedstawić w pracy magisterskiej, np. polska scena polityczna, kultura organizacyjna korporacji na przykładzie pewnej firmy, zastosowanie polifluorku winylidenu we współczesnym przemyśle, grupa społeczna.
Badanie, przeprowadzona analiza mają czemuś służyć, np. zwiększeniu stanu wiedzy na dany temat, znalezieniu rozwiązania pewnego problemu, określeniu nowych obszarów zastosowań pewnego tworzywa, poznanie środowiska, zdiagnozowanie przyczyn zjawiska, odpowiedź na postawione pytania, ważne ze społecznego, gospodarczego lub innego punktu widzenia.
Wartościowa praca magisterska to taka, która coś wnosi, coś wyjaśnia, a nie tylko omawia zagadnienie (niektórzy promotorzy nie dopuszczają tego typu dzieł, wymagają, aby miały one charakter problemowy, czyli odpowiadały na jakieś pytania).
Idealnie, gdyby problem badawczy dotyczył kwestii społecznych, odnoszących się do realnych problemów. Takie dzieło na pewno zostanie wysoko ocenione, a jego autor dostrzeżony przez gremia naukowe i decydentów różnych organizacji (nawet władzę publiczną).